Sekretaris mempunyai tugas membantu Kepala Badan dalam merumuskan, mengkoordinasikan, membina, mengarahkan, menyelenggarakan dan melaporkan kegiatan Badansesuai peraturan perundang-undangan. Untuk melaksanakan tugas Sekretaris mempunyai fungsi:

1. perumusan kebijakan Badan;
2. pelaksanaan kebijakan Badan;
3. pembinaan dan mengarahkan kegiatan Badan;
4. penyelenggaraan kegiatan Badan;
5. pengawasan terhadap pelaksanaan tugas dan fungsi Badan;
6. pelaksanaan monitoring, evaluasi dan pelaporan terhadap penyelenggaraan kegiatan Badan;
7. pemberian saran dan pertimbangan kepada Kepala Badan berkenaan dengan perumusan kebijakan Badan; dan
8. pelaksanaan fungsi lainnya yang diberikan oleh Kepala Badan sesuai peraturan perundang-undangan.

Sekretariat  membawahi (3) tiga Sub Bagian yaitu:

1. Sub Bagian Perencanaan, Evaluasi dan Pelaporan mempunyai tugas membantu Sekretaris dalam menghimpun masukan/informasi dari bidang  dan seksi lain sebagai bahan untuk menyusun perencanaan umum Badan, menganalis informasi dan mengolahnya menjadi sumber data, dan menghimpun data yang masuk sebagai bahan pembuatan laporan akhir.
2. Sub Bagian Umum dan Kepegawaian mempunyai tugas membantu Sekretaris dalam melaksanakan dan mengkoordinasikan penyiapan bahan perumusan kebijakan, pelayanan teknis administrasi, pengelolaan urusan, tata laksana, urusan kepegawaian, hubungan kemasyarakatan dan protokoler Badan.
3. Sub Bagian Keuangan dan Aset mempunyai tugas membantu Sekretaris dalam mengumpulkan, merumuskan bahan kebijakan, mengendalikan kegiatan dan mengolah penyusunan laporan di bidang keuangan dan aset Badan.

Masing-masing Sub bagian dipimpin oleh seorang Kepala Sub Bagian yang berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Sekretaris.